Surcontamination et virus résistants

Deux virus valent-ils plus qu'un ?

Pour bien comprendre, il faut se souvenir que sous le nom de VIH se cache en fait un virus à l'extraordinaire variabilité. Dans les trois types M, N et O du VIH 1 se trouve un nombre important de sous-types. Les différences entre ces virus qui peuvent atteindre aisément 10 % à 20 % du génome pourraient faire croire à des virus différents. Seule leur similitude fonctionnelle les rapproche. La découverte de virus recombinants, c'est-à-dire de virus composés de gènes issus de sous-types différents, a permis de se rendre à l'évidence : la recombinaison de virus est plus fréquente qu'il n'y paraît. Elle se retrouve principalement dans les régions du monde où des sous-types différents cohabitent, à tel point que certains de ces virus y deviennent dominants. Il en est ainsi du CRF2-CRF (circulating recombinant form) en Afrique de l'Ouest ou des virus recombinants de la Russie, issus du croisement de souches européennes et asiatiques. Le mélange des sous-types est une question de moins en moins marginale. En Europe, 15 à 20 % de nouveaux sous-types se sont répandus à côté du sous-type B qui a longtemps été seul. Aussi, le risque d'y voir apparaître des souches recombinantes augmente.

La combinaison de deux virus ne s'explique que par l'existence de personnes co-infectées par deux souches différentes. Le cas le plus fréquent est celui de personnes infectées par différentes souches simultanément ou dans une période de temps relativement courte. L'observation de ces cas est, là encore, plus fréquente dans des régions où cohabitent plusieurs sous-types et où les mesures de prévention sont peu répandues. Il en résulte l'apparition de virus nouveaux, combinaison des deux virus dont ces personnes sont porteuses. La détection de ces cas est difficile parce qu'elle nécessite des techniques difficiles et présente surtout un intérêt scientifique. Quelques études ont néanmoins mis ce phénomène en évidence en Afrique du Sud, à San Diego et à Genève. Dans cette dernière étude, menée chez des usagers de drogues co-infectés par des virus B et CRF11, la caractéristique commune était la baisse rapide des lymphocytes CD4.

En revanche, la surinfection, consistant pour une personne infectée de longue date à être à nouveau contaminée par une autre souche, est plus rare. Néanmoins, des cas existent puisqu'on a vu des personnes sous traitement depuis longtemps être soudainement en échappement thérapeutique : elles venaient d'être contaminées par un virus différent du premier. La co-infection par le même sous-type est difficilement détectable parce qu'elle est le plus souvent sans effet clinique capable de la différencier de la mono infection. Elle est cependant fréquente chez des personnes fréquemment exposées. Mais elle n'est pas détectable en routine et donne l'impression que tout se passe comme s'il y avait une sorte d'effet protecteur de la première contamination. Mais dès qu'on se trouve en présence de sous-types différents, les choses changent, les cas de surinfection sont plus fréquents. Or, la réinfection par un sous-type différent a la même implication clinique majeure que celle des cas de co-infection : la progression plus rapide vers le sida et la chute plus rapide des lymphocytes CD4. Cette question devient un enjeu important pour la prévention en France depuis que l'on a découvert d'autres sous-types que le classique B. Ainsi, chez les homosexuels, ils représentent 15 % des personnes infectées.

La résistance se transmet aussi

A la question de la surcontamination, il faut en ajouter une autre : la transmission de virus résistants. Les années de trithérapies ont progressivement fait émerger des souches virales de plus en plus résistantes chez les personnes dont le virus a échappé aux traitements. Le virus d'un individu, soumis à diverses pressions de sélection, réaction immunitaire et antirétroviraux, évolue en une variété de virus parmi lesquels peuvent émerger des souches résistantes si la charge virale n'est pas bien contrôlée. A ce jour, environ 10 % de personnes séropositives en France sont porteuses de virus résistants. Ce chiffre, qui dépend de la sélectivité et de la sensibilité des tests employés, est probablement sous évalué. Lorsqu'elles ont des rapports à risques, ces personnes peuvent transmettre leur virus résistant. On a constaté par de nombreuses recherches que ces virus se transmettent plus difficilement que les autres. Mais, faut-il le rappeler, pour l'individu contaminé, il a suffi d'une fois. Cette personne abrite alors un virus capable de résister d'emblée aux traitements. Plus encore, la souche résistante initiale se comporte comme une souche primaire et il y a peu de chances statistiques que ses mutations la fassent évoluer à l'inverse de ce qui l'a fait naître, c'est-à-dire vers un type sauvage. Les résistances risquent donc d'être conservées longtemps.

L'autre aspect, que les chercheurs ont étudié récemment dans la transmission de virus résistants, est la capacité réplicative – la fitness – des virus transmis. En étudiant ces virus, dont la capacité est habituellement fortement dégradée par les mutations qu'ils ont subies, il fut surprenant de constater que les virus résistants transmis avaient une capacité réplicative à peu près égale à celle des virus sauvages. Autrement dit, la vitesse à laquelle ils se multiplient chez les personnes nouvellement infectées est équivalente à celle de virus sans mutations alors que chez la personne source, ces virus apparaissent plutôt comme moins performants. Tout se passe comme si la transmission sélectionnait les virus les plus vigoureux parmi ceux qui ont acquis une résistance aux médicaments.

L'aspect le plus remarquable du cas de New York était la rapidité avec laquelle ce malade avait atteint le stade sida. Présentant de fortes résistances à la plupart des antirétroviraux, il a probablement été contaminé par au moins deux souches différentes. Mais cette rapidité d'évolution n'est pas à mettre sur le compte de la vigueur du virus. En effet, en analysant les données d'observation de suivi des personnes atteintes sur les dix à quinze dernières années, on constate qu'une évolution avec une telle rapidité est un phénomène rare mais existant. Ce sont environ 7 pour 10 000 cas qui progressent en six mois vers le stade sida. Les hypothèses que l'on peut raisonnablement retenir expliquent cela par des prédispositions individuelles plutôt que par le type de virus en cause.

Scénario catastrophe

Tous les phénomènes exposés ici ont nécessité des années d'existence de la maladie pour les voir apparaître, mais aussi pour les étudier et les comprendre. La principale difficulté dans l'analyse fut de séparer les différents éléments. Mais l'on se rend bien compte qu'il est possible de les réunir. C'est sans doute ce type de conjonction qui a fait émerger un cas comme celui du malade de New York, qui n'est malheureusement pas un cas isolé.

A lire les récents résultats des contaminations dans le milieu gay parisien, on pourrait imaginer le pire : qu'il se développe un virus recombinant résistant à tous les traitements et capable de se reproduire dans une population isolée. Ce serait une manière de remettre le compteur à zéro et de recommencer le cauchemar des années 1980. On peut aussi imaginer le meilleur : une réaction de la communauté gay capable de se rendre compte qu'il faut rompre efficacement la chaîne de transmission afin de remiser les scénarios catastrophes aux discussions des conférences scientifiques.